Faites maintenant demi-tour et retournez au centre de la crypte, devant le maître-autel. Dans le bassin de l'abside et dans les trois voûtes adjacentes, est représentée l'Apocalypse de Jean.
Sur la voûte centrale, juste au-dessus de l'autel, se trouve la grande figure du Christ Juge, représenté à l'intérieur d'un ovale. Il a les cheveux et la barbe blancs, symboles de la sagesse ; une épée sort de sa bouche, car la parole de Dieu est comme une lame à double tranchant ;il tient deux clés dans une main et sept étoiles dans l'autre, symboles des sept Églises d'Asie auxquelles Jean adressa ses écrits.
Au-dessus de la fenêtre se trouve l'Agneau mystique, avec ses sept cornes, ses sept yeux et le livre fermé par les sept sceaux. Autour de lui, il y a les quatre symboles des évangélistes, tandis qu'en dessous, les vingt-quatre Vigiles le vénèrent.
Le maître-autel de la crypte est dédié à Saint Magno, évêque de Trani, évangélisateur d'Anagni et martyr au moment des persécutions de Dèce, en l'an 250.
L'hémicycle de l'abside montre l'histoire du martyr depuis sa mort près de Fondi, sur la côte du Latium, puis le transport de son corps à Veroli, jusqu'à sa sépulture à Anagni au IXe siècle.
Toute la nef des trois absides, les voûtes de la Création et la première voûte des Récits de l'Ancien Testament ont été réalisées par le Premier Maître ou Maître des Transferts, dont le style présente des traits fortement archaïques et, bien qu'influencé par de nouveaux éléments formels provenant de la Sicile normande, son langage reste ancré dans la tradition romaine.