Sur les voûtes de la nef centrale sont représentée les récits de l'Arche de l’Alliance de l’Eternel, tirés du premier livre de Samuel dans l'Ancien Testament. Le récit commence sur la fresque de la première voûte avec la bataille d'Aphek, lorsque les Philistins tuèrent les fils du prêtre Eli et volèrent l'Arche. Le prêtre Eli, en recevant la bouleversante nouvelle, tomba de son siège et mourut.
Sur la voute suivante, les Philistins transportent l'Arche sainte dans leurs villes, mais sa présence provoque terreur, mort et peste. Il est important de noter la présence de la Vierge Marie en prière au centre de cette voûte, symbole de continuité entre l'Ancien et le Nouveau Testament, en tant que la nouvelle Arche de l’Alliance et le nouveau coffret sacré contenant, en son sein, le symbole de la nouvelle alliance de Dieu avec le peuple élu : son fils le Christ. Ici, le style du Second Maître est clairement visible, lié à la culture artistique byzantine du sud de l'Italie avec ses caractéristiques décoratives.
Plus loin, le peuple philistin rend l'Arche au peuple juif. Celle-ci est tirée par deux génisses, l'Arche quitte Asdod et arrive à Beth Schémesch.
Sur la voute suivante, le peuple juif accueille l'Arche, mais les citoyens qui osent la regarder meurent.
Sur la voûte suivante, Samuel ordonne la destruction des fausses idoles que les Juifs avaient entre-temps commencé à adorer : les Astartés et les Baals sont détruits et suit alors la purification du peuple juif grâce au sacrifice d'un agneau.
Les récits se poursuivent sur la voûte située à votre droite, où est représentée la bataille de Mitspa, au cours de laquelle le peuple juif a vaincu les Philistins avec l'aide de Samuel.
Dans la voûte suivante, en revenant en arrière, est dépeint le moment où les Hébreux demandent à Samuel de leur choisir un roi. Ces derniers, selon les instructions de Dieu, couronne Saül comme roi du peuple juif et le légitiment en procédant à l'onction de sa tête. Cette scène est représentée sur la voûte la plus proche de la nef. Il semblerait qu'il s'agisse d'une référence claire à l'histoire contemporaine et aux luttes permanentes entre la papauté et l'empire. Sur cette voûte, nous assistons à la légitimation du pouvoir temporel d'un roi de la part d’un prêtre, gardien du pouvoir spirituel. Ce ne peut être qu'une référence claire à la supériorité du rôle du pape de Rome sur tous les autres pouvoirs terrestres ?
Sous ces voûtes sont représentés quatre miracles de Saint Magno, œuvre du Troisième Maître d'Anagni : son architecture réalisée avec une conception spatiale assurément plus mature, ses personnages en mouvement, gesticulant, avec des expressions sur le visage, portant des vêtements typiquement médiévaux, sont le signe d'un nouveau style qui fait de ce maître l'un des plus grands représentants de la production picturale italienne du XIIIe siècle.