Nelle volte della navata centrale sono rappresentate le storie dell’Arca dell’Alleanza, tratte dal primo libro di Samuele dell’Antico Testamento. La narrazione comincia nella prima volta affrescata con la battaglia di Aphek, quando i Filistei uccidono i figli del sacerdote Eli e rubano l’Arca contenente i Dieci Comandamenti, il bastone di Aronne, la bacchetta di Mosè e la manna scesa nel deserto. Il sacerdote Eli, ricevuta la sconvolgente notizia, cade dal suo seggio e muore.

Nella volta successiva i Filistei trasportano l’Arca santa nelle loro città, ma la sua presenza causa terrore, morte e pestilenza. È importante notare la presenza della Vergine Maria orante al centro di questa volta, simbolo di continuità tra il Vecchio e il Nuovo Testamento, in quanto nuova Arca dell’Alleanza, nuovo sacro scrigno che contiene nel ventre il simbolo della nuova alleanza di Dio con il popolo eletto: suo figlio Cristo. Qui è ben visibile lo stile del Secondo Maestro, legato alla cultura artistica bizantina del Meridione d’Italia con i suoi spiccati accenti decorativi.

Più avanti il popolo filisteo restituisce l’Arca al popolo ebraico. Trainata da due vitelle da latte, l’Arca lascia Azotum e arriva a Besamis.

Nella volta successiva il popolo ebraico accoglie l’Arca, ma i cittadini che osano guardarla cadono a terra morti. Gli abitanti di Besamis chiedono agli abitanti di Cariat-Jearim di accogliere l’Arca. Questi accettano e la trasportano nella casa del sacerdote Abinadab.

Nella volta successiva Samuele ordina la distruzione dei falsi idoli che intanto gli ebrei avevano cominciato ad adorare: Astarot e Baalim vengono distrutti e segue la purificazione del popolo ebraico attraverso il sacrificio di un agnello.

Le storie continuano nella volta alla vostra destra, dove è rappresentata la battaglia di Mizpa in cui il popolo ebraico sconfigge i Filistei grazie all’aiuto di Samuele.

Nella volta successiva, tornando indietro, è rappresentato il momento in cui gli ebrei chiedono a Samuele di scegliere per loro un re. Questi, secondo le indicazioni di Dio, incorona Saul re del popolo ebraico e lo legittima attraverso l’unzione del capo, rappresentata nella vela più vicina alla navata centrale. Sembrerebbe un chiaro rimando alla storia contemporanea e alle continue lotte tra papato e impero. In questa volta assistiamo alla legittimazione del potere temporale di un re da parte di un sacerdote, custode del potere spirituale. Cos’altro se non un chiaro riferimento alla superiorità del ruolo del papa di Roma rispetto ad ogni altro potere terreno?

Sotto queste volte sono rappresentati quattro miracoli di san Magno, opera del Terzo Maestro di Anagni: le sue architetture realizzate con una concezione spaziale sicuramente più matura, i suoi personaggi in movimento, che gesticolano, con espressione nei volti, con un abbigliamento tipicamente medievale, sono il segno di uno stile nuovo che fa di questo maestro uno dei maggiori esponenti nell’ambito della produzione pittorica del Duecento italiano.