En las bóvedas de la nave central están representadas las historias del Arca de la Alianza, tomadas del primer libro de Samuel del Antiguo Testamento. La narración comienza en la primera pintura al fresco con la batalla de Aphek, cuando los filisteos matan a los hijos del sacerdote Elí y roban el Arca. El sacerdote Elí, al recibir la terrible noticia, cae de su asiento y muere en el acto.
En la siguiente los filisteos llevan el Arca santa a sus ciudades, pero su presencia causa terror, muerte y peste. Es importante notar la presencia de la Virgen María orante en el centro de esta boveda, símbolo de continuidad entre el Antiguo y el Nuevo Testamento, como nuevo Arca de la Alianza, Nuevo cofre sagrado que contiene en el vientre el símbolo de la nueva alianza de Dios con el pueblo elegido: su hijo Cristo. Aquí es bien visible el estilo del Segundo Maestro, vinculado a la cultura artística bizantina del sur de Italia con sus marcados acentos decorativos.
Más adelante el pueblo filisteo devuelve el Arca al pueblo judío. Arrastrada por dos terneras lecheras, el Arca deja Azotum y llega a Besamis.
A continuacion, el pueblo judío recibe el Arca, pero los ciudadanos que se atreven a mirarla caen muertos al suelo.
Un poco mas adelante, Samuel ordena la destrucción de los falsos ídolos que mientras tanto los judíos habían comenzado a adorar: Astarot y Baalim son destruidos y sigue la purificación del pueblo judío a través del sacrificio de un cordero.
Las historias continúan en la bóveda a su derecha, donde se representa la batalla de Mizpa en la que el pueblo judío derrota a los filisteos gracias a la ayuda de Samuel.
Seguidamente, volviendo atrás, está representado el momento en que los judíos piden a Samuel que elija para ellos un rey. Éste, según las indicaciones de Dios, corona a Saúl rey del pueblo judío y lo legitima a través de la unción de la cabeza, representada en la vela más cercana a la nave central. Parece una clara referencia a la historia contemporánea y a las continuas luchas entre el papado y el imperio. En esta ocasión asistimos a la legitimación del poder temporal de un rey por parte de un sacerdote, custodio del poder espiritual. ¿Qué otra cosa sino una clara referencia a la superioridad del papel del Papa de Roma respecto a cualquier otro poder terrenal?
Bajo estas bóvedas están representados cuatro milagros de san Magno, obra del Tercer Maestro de Anagni: sus arquitecturas realizadas con una concepción espacial seguramente más madura, sus personajes en movimiento, que gesticulan, con expresión en los rostros, con un vestido típicamente medieval, son el signo de un estilo nuevo que hace de este maestro uno de los mayores exponentes en el ámbito de la producción pictórica del siglo XIII italiano.