La construcción de la Capilla Caetani se completó en 1296 por voluntad del papa Bonifacio VIII, con el fin de acoger los restos de algunos familiares del pontífice y para celebrar el doble poder, temporal y espiritual, de Bonifacio y de su descendencia familiar.
En la pared este se puede admirar el sepulcro Caetani, que consiste en un baldaquino de dos columnas adosadas a la pared. Los sarcófagos para el entierro son dos, de los cuales el más pequeño se caracteriza por una decoración muselina con cinco escudos heráldicos de la familia Caetani. Según la tradición, la familia Caetani sería originaria de la ciudad marítima de Gaeta de la cual derivan las dos olas marinas sobre fondo dorado que caracterizan su escudo y el nombre "Gaetani", o en la versión romana más aulica, "Caetani".
El fresco que decora la parte de la pared enmarcada por el baldaquino fue realizado entre finales de 1296 y 1299, pero sufrió numerosas repintadas en los siglos siguientes. En el centro la Virgen está sentada en un trono con el Niño bendiciendo; en los lados santo Esteban a la derecha, y quizás el arzobispo de Canterbury Thomas Becket a la izquierda, presentan dos personajes arrodillados. Son dos exponentes importantes de la familia Caetani: el de derecha es Roffredo II, el potentísimo conde de Caserta, hermano de Bonifacio VIII; el de izquierda, que tenía originalmente un sombrero cardenalicio junto a las rodillas, era el cardenal Benedicto II Caetani. Debido a las desafortunadas reconstrucciones, llevadas a cabo ya antes de 1749 y durante el siglo XIX, el sombrero cardenalicio desapareció del fresco y el cardenal se transformó en fraile franciscano, identificado como el beato Andrea Conti, tío materno del papa Bonifacio VIII.
Ahora podemos dejar el piso de la iglesia y bajar a los subterráneos de la Catedral a través de la escalera que encontrarán a las afueras de la Capilla Caetani. Os recordamos que en los tres ambientes subterráneos está absolutamente prohibido el uso del flash y que podéis entrar en las zonas 9 y 10 solo cuando las luces esten encendidas. Os recordamos también que, una vez apagadas las luces de la Cripta, debéis necesariamente seguir hacia adelante y salir por la misma, usando la escalera opuesta, por eso os aconsejamos entrar en el momento del encendido, Ya que tendreis a dispoisicion los 20 minutos que dura el turno de visita. También recomendamos no apoyarse en paredes, columnas y sistemas de iluminación.